SCIEX GeXP

Výrobce: SCIEX

GenomeLabTM GeXP SingleRail/DualRail GENETIC ANALYSIS SYSTEM Quantitative Gene Expression GeXP SingleRail/DualRail je genetický analyzátor a DNA sekvenátor pracující na principu kapilární elektroforézy. Přístroj je svou konstrukcí optimalizován pro potřeby laboratoří s rutinním provozem. V konstrukci přístroje byl dán velký důraz na jednoduchou obsluhu a minimalizaci chyb.

Technický popis zařízení 8 kapilár se speciální úpravou vnitřního povrchu pro potlačení elektroendoosmózy. Kapiláry jsou univerzální pro všechny aplikace – sekvenování, analýzu dlouhých, krátkých i SNP (velmi krátkých) fragmentů. Dva diodové lasery pracující v blízké infračervené oblasti (650 a 700 nm). K vizualiza ci fragmentů se používají fluorochromy systému WellRed –skupina Cy. Univerzální gel pro všechny aplikace včetně SNP – lineární polyakrylamid (LPA) – patentované řešení Beckman Coulter. Plně automatická analýza – od denaturace DNA až po identifikaci bází či alel. Autosampler má kapacitu 96 vzorků (GeXP SingleRail) nebo 2x96vzorků (GeXP DualRail) na mikrotitrační destičce.

Systém umožňuje automatické přepínání mezi aplikacemi bez zásahu operátora. • Software pracuje pod Windows 2000/XP a podporuje všechny dostupné aplikace – sekvenování, SNP, AFLP, STR, LOH, kvantifikaci DNA fragmentů. Software i PC jsou součástí systému. • Sekvenování – DTCS (Dye Terminator Cycle Chemistry), možnost až 1000 bp. 8 x 700bp - 100 min, přesnost >98.5% 8 x 500bp - 46 min, přesnost >98.5% CEQence investigator – modul na pokročilou analýzu sekvenačních dat (detekce mutací, potvrzení heterozygotů …) – je součástí dodávaného software. • SNP – extenze primerů se značenými terminátory Multiplexing /poolplexing– až 10 lokusů v jedné analýze, separace jen l6 min, až 960 lokusů za 5 hodin. • Fragmentační analýza - STR, AFLP, LOH, MLPA, footprinting … Fragmenty 60 až 600 bp reprodukovatelnost lepší než ±0.20bp. Možnost použít fluorochromy WellRed nebo Cy5. Multiplexing/poolplexing – až 15 lokusů v jedné analýze, při délce do 400 bp je separace 46 min. Software umožňuje binning, fingerprinting, kvantifikaci. • Kvantitativní multiplexní genová exprese-systém umožnuje návrh primeru pro multiplexní genovou expresi, analýzu i spracování a vyhodnocení dat multiplexu až 30 genu. K dispozici jsou i validované kity pro konkrétní sledování genové exprese

Přednosti přístroje GeXP SingleRail/DualRail 1. Přepínání mezi aplikacemi – sekvenování/analýza fragmentů/SNP analýza je možné automaticky bez zásahu operátora. Všechny typy analýz (včetně SNP, dlouhých fragmentů i dlouhých sekvencí) používají univerzální kapiláry, univerzální gel a jedno software. Univerzalita je umožněna vlastnostmi gelu na bázi LPA. LPA gel pro DNA analýzy je patentem Beckman Coulter a používají ho dva ze tří světových výrobců kapilárních systémů pro analýzu DNA – GE (Amersham) a Beckman Coulter. Univerzální reagencie jsou výhodné pro ekonomiku provozu, vylučují možnost chyby při přestavování systému a šetří čas obsluhujícího personálu. 2. Použití dvou diodových infračervených laserů dává systému ekonomické i technologické výhody oproti systému s jedním laserem.

Technologické výhody diodových infračervených laserů Každý laser obsluhuje pouze dvě barvy, což umožňuje použít jednodušší a menší fluorochromy. Menší molekuly fluorochromů znamenají menší inhibici polymerázy při sekvenační reakci a lepší výsledky při sekvenování obtížných regionů - Biotechniques (2000) 28, p630-634. V blízké infračervené oblasti je v biologických systémech nižší pozadí a systém vykazuje velmi dobrý poměr signál/pozadí. Tato vlastnost je velmi důležitá např. při detekci heterozygotů.

Ekonomické výhody diodových infračervených laserů GeXP nevyžaduje elektrický obvod s 30A jističem. GeXP má malý tepelný výkon a nevyžaduje klimatizaci. Diodové lasery GeXP jsou levné a spolehlivé. V prvních pěti letech provozu vyžadují výměnu pouze výjimečně a cena laserů je nízká

Další výhody systému
GeXP SingleRail/DualRail nevyžaduje zdroj dusíku.
GeXP SingleRail/DualRail nevyžaduje znovunastavení optiky po přemístění přístroje.
Automatický provoz zahrnuje i denaturaci DNA před analýzou a výměnu gelu v kapilárách.
Vysoká reprodukovatelnost analýz - obr. „Overlay“ analýzy
Vysoká rychlost analýz – např. sekvenační analýza 8 x 700bp je hotova za 100 min, 8 x SNP
detekce je hotova za 16 minut